目的 比较肠道病毒71型（EV71）与非EV71感染所致的合并有神经系统损害手足口病（HFMD）患儿的临床特征、实验室检查结果及细胞因子水平。方法 选择合并有神经系统损害的HFMD患儿共126例，总结其临床表现，并根据病原学检测结果分为EV71感染组和非EV71感染组，比较两组患者的临床特征、实验室检查结果及细胞因子水平。结果 126例患儿均出现皮疹及精神萎靡，其次以发热（92.06%）常见，部分患儿存在易惊、肢体抖动、恶心呕吐、嗜睡、呼吸节律不齐、抽搐、肌无力、颅神经麻痹。两组患儿年龄、性别、合并肺炎及死亡情况、发病至入院天数、发病至神经系统受累天数、发热天数、发热最高体温以及入院时心率、呼吸频次、平均动脉压比较，差异均无统计学意义（P＞0.05）。EV71感染组的乳酸脱氢酶、白细胞介素（IL）-2、IL-6及IFN-γ水平均高于非EV71感染组（P＜0.05）。结论 在合并神经系统损害的HFMD患儿中，EV71阳性率较高，EV71感染者比非EV71感染者更容易出现组织细胞损坏和细胞因子水平的变化。