目的 探讨重症手足口病病原学特征，分析肠道病毒71型（EV71）基因型的特征。方法 重症手足口病患儿180例，采集发病一周内的咽拭子或肛拭子标本，应用实时反转录-聚合酶链反应方法检测标本中的肠道病毒。分别选取2014年及2015年各5例EV71检测阳性标本扩增基因的VP1区，测序并比对，构建进化树分析。结果 180份标本中肠道病毒核酸阳性153份，阳性率85.00%。153份阳性结果中EV71核酸阳性占50.3%（77/153），柯萨奇病毒A组16型（CVA16）核酸阳性占19.6%（30/153），其他肠道病毒核酸阳性占30.1%（46/153）。2014年及2015年以EV71为主，CVA16较少，两年间病毒型别构成比较，差异无统计学意义（P＞0.05）。多元线性回归分析示，拟合回归方程：Y=2.095X1+0.462X2-0.214，式中Y为重症病例数，X1为EV71病例数，X2为其他肠道病毒病例数。EV71数可反映99.7%重症病例变化。不同年龄间病毒型别构成比较，差异无统计学意义（P＞0.05）。发病高峰集中在每年4～8月；发病以4岁以下儿童为主，占82.7%，尤其是1～3岁年龄段（57.8%）。EV71 VP1区与C4a基因型代表株核苷酸同源性为91.6%～92.5%，氨基酸同源性为97.5%～98.8%，亲缘进化分析显示EV71与C4a基因型代表株处于同一分支。结论 EV71是本地区重症手足口病患儿主要病原，且属于C4a基因亚型。