目的了解北京市某三级甲等综合医院国家自然科学基金（国自然）资助情况，探讨医院科技管理和学科发展对策。方法利用国家自然科学基金网络信息系统获取该医院2016—2022年国自然申请及立项资料，统计分析其国自然资助率、获资助项目的学科分布及项目负责人情况等。结果2016—2022年该医院获资助国自然项目191项，资助总经费9 198万元，获资助项目数整体呈增长趋势；获资助项目以医学科学部项目为主，其中医学科学部的青年科学基金项目（青年项目）及面上项目平均资助率分别为15.66%（91/581）和19.85%（77/388），高于全国同期资助水平；获资助项目集中在H09神经系统、H18肿瘤学、H27影像医学/核医学3个学科；但承担高层次有显示度的研究项目和人才项目较少。各项目负责人以博士为主，除青年项目外的其他项目负责人多为高级职称。结论2016—2022年，该医院国自然获资助项目数总体呈增长趋势，但存在学科分布不均衡、高层次研究项目和人才项目较少等问题，需要通过政策引导、加强科研组织管理及强化人才培养等措施进一步提升医院科研实力。