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论著·基础研究 | 更新时间:2015-09-12
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人类miR-22靶基因生物信息学预测及功能分析

广西医学 2015第37卷07期 页码:891-894

作者机构:广东医学院附属深圳市福田区人民医院病理科

基金信息:【基金】广东省医学科研基金(A2015429);广东省医学科研基金(A2014660);深圳市福田区卫生公益性科研项目(FTWS2015017)

DOI:10.11675/j.issn.0253-4304.2015.07.03

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目的 应用生物信息学技术分析预测人类miR-22(hsa-miR-22)的靶基因并分析其功能,为深入研究hsa-miR-22的生物学功能和调控机制提供理论指导。方法 利用PubMed 检索miR-22 相关文章,明确其部分已知功能及已证实的靶基因,通过miRBase获得miR-22 序列和基因组特征。应用miRWalk综合数据库中4种工具对hsa-miR-22靶基因进行预测并取交集,对预测的靶基因集合结合已证实的靶基因进行功能富集分析(GO分析)以及KEGG生物通路富集分析。结果 miR-22 序列在多物种间具有一定的保守性。通过PubMed检索获得已证实靶基因20个,miRWalk综合数据库预测的靶基因集合共194个。GO分析结果显示hsa-miR-22靶基因功能主要富集于转录调控、蛋白修饰、生物合成和形态发生等过程(P<0.01); KEGG生物通路主要富集于细胞外基质受体相互作用、黏着斑、肌动蛋白细胞骨架调节、ErbB信号通路、mTOR信号通路以及前列腺癌、子宫内膜癌、急性髓系白血病、胶质瘤和黑色素瘤疾病信号通路(P<0.05)。结论 hsa-miR-22的靶基因集合富集于多个生物学过程及疾病信号通路,与多种肿瘤密切相关。

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