目的 探讨广西扶绥县肝癌高发区HBV相关肝癌患者HBV-DNA前S区（Pre-S区）变异与肝癌发生的关系。方法 采用病例对照研究的方法，选择HBV相关肝癌患者50例（肝癌组），HBV慢性携带者50例（对照组），提取受试者血清HBV-DNA，采用巢式PCR的方法扩增Pre-S区，测序并分析其核酸变异的情况。结果 肝癌组患者Pre-S区缺失率、Pre-S2起始密码子变异率、T53C变异率分别为38.0%（19/50）、38.0%（19/50）和32.0%（16/50），均高于对照组的14.0%（7/50）、10.0%（5/50），4.0%（2/50）（P＜0.05）。两组发生Pre-S区缺失26例，主要为Ⅱ类缺失，占69.2%；框内缺失24例占92.3%；Pre-S2 5′端缺失23例占88.5%。多因素非条件logistic分析结果显示，Pre-S区缺失、Pre-S2起始密码子变异以及T53C变异是肝癌发生的独立危险因素（P＜0.05）。结论HBV-DNA Pre-S区缺失、Pre-S2起始密码子变异和T53C变异与广西扶绥县HBV相关肝癌的发生密切相关。