目的制应用核糖核酸测序（RNA-seq）技术探讨马尔尼菲篮状菌（TM）致小鼠脑皮层损伤的可能机制。方法 （1）将10只C57/BL6小鼠随机分为TM感染组和健康对照组（5只/组）后，分别经尾静脉注射TM分生孢子悬液、生理盐水。将BV2细胞和N2a细胞均随机分为TM感染组和空白对照组，TM感染组加入TM分生孢子悬液，空白对照组加入等量培养液。（2）建模成功后，取小鼠脑皮层组织进行RNA-seq后分析差异表达基因（DEGs）；采用R 4.1.2软件对DEGs进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体论(GO)功能富集分析等。取两组小鼠脑皮层组织及两组BV2细胞、N2a细胞，采用实时荧光定量PCR对富集通路相关DEGs、促炎因子进行体内体外验证。结果 (1)共获得871个DEGs，其中上调基因373个、下调基因498个。KEGG通路富集分析结果显示，显著性最大的通路为氧化磷酸化通路（Q=9.60×10-3），基因数目比例最大的通路为神经退行性病变-多种疾病通路；GO功能富集分析结果显示，DEGs主要涉及细胞因子产生的正向调节、突触组织等生物学过程和组织。(2)体内体外验证结果表明，与对应对照组相比，TM感染组小鼠脑皮层组织和N2a细胞中Atp4a、Abcg3的mRNA表达水平均上调，Med8 mRNA表达水平下调，N2a细胞中Ifi47、AA388235的mRNA表达水平上调（均P＜0.05），TM感染组小鼠脑皮层组织及BV2细胞中白细胞介素6、白细胞介素1β和肿瘤坏死因子α的mRNA表达水平均上调（均P＜0.05），均与RNA-seq结果一致。结论 TM感染可能通过直接改变神经元细胞糖代谢，或间接激活小胶质细胞炎症反应，从而导致脑皮层损伤。