目的 分析ICU医院获得性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）肺炎患者的菌株的耐药和耐药基因检出情况，比较利奈唑胺和万古霉素的治疗效果。方法 收集某三甲医院ICU收治的410例医院获得性MRSA肺炎患者的痰液，分离菌株，检测其对其他抗生素的敏感性及相关耐药基因。将所有患者随机分为对照组和观察组，各205例，对照组采用万古霉素治疗，观察组给予利奈唑胺。比较两组患者的临床疗效、病原菌清除率、治疗期间医院内病死率和不良反应发生情况。采用决策树模型分析利奈唑胺和万古霉素治疗MRSA肺炎的成本效果。结果 （1）MRSA对青霉素、苯唑西林、头孢西丁、四环素、克林霉素、红霉素、环丙沙星及复方磺胺甲噁唑等药物均有不同程度的耐药，其中多重药物耐药率高达32.20%。但410株MRSA均未检出对利奈唑胺、万古霉素、替加环素耐药。（2）β-内酰胺类耐药基因mecA、氨基糖苷修饰酶基因aac（6′）/aph（2″）、大环内酯类23S rRNA甲基化酶基因ermA/C、四环素类核糖体保护蛋白基因tetM/K、喹诺酮类耐药基因qnrA/B的检出率分别为100.00%、38.29%、65.37%、57.56%、21.00%。（3）观察组患者的临床治疗总有效率和病菌清除率均高于对照组，不良反应发生率低于对照组（均P＜0.05），但两组的医院病死率差异无统计学意义（P＞0.05）。（4）决策树模型分析结果显示，相比于万古霉素治疗，采用利奈唑胺治疗MRSA重症肺炎的成本效果比较高，每提高一个单位总有效率利奈唑胺治疗需多花费31 321.41元，但其相对于万古霉素的增量成本效果比低于2019年人均国内生产总值（＞60 000元），性价比仍较高。结论 ICU医院获得性MRSA肺炎患者的菌株耐药情况严重，耐药基因检出率高。相比于万古霉素治疗，采用利奈唑胺治疗MRSA肺炎的病菌清除率高、不良反应少、临床疗效和成本效果更优，临床上可推荐首选利奈唑胺治疗MRSA肺炎。