目的 评价粪菌移植治疗功能性便秘的安全性及有效性。方法 检索Cochrane Library、PubMed、EBSCO、Web of Science、SinoMed、知网、万方和维普等数据库收录的粪菌移植治疗功能性便秘的临床研究，采用EndNote X8软件对文献进行导入、查重和分类，对纳入的文献进行计量学分析。结果 本研究共纳入14篇文献，其中队列研究10篇，对照研究4篇，共832例患者。10篇队列研究的临床有效率为71.1%（362/509），4篇对照研究中对照组的临床有效率为58.6%（92/157），干预组（单纯粪菌移植或联合用药）的临床有效率为89.8%（149/166）。给药途径为口服粪菌胶囊、治疗频次为6次、治疗剂量为1枚、联合使用乳果糖时，粪菌移植治疗功能性便秘的临床有效率相对较高。本研究纳入的文献均未出现严重不良事件，不良反应以排气增多最为常见。结论 单纯粪菌移植或粪菌移植联合其他药物（聚乙二醇、乳果糖口服液、水溶性膳食纤维、益生菌等）治疗功能性便秘的疗效确切，且安全性较高，但其最佳给药途径、频次及剂量仍需进一步研究。