目的 分析新型冠状病毒肺炎疫情下社会办医疗机构卫生督导中存在的问题和整改情况，并提出相关卫生管理建议。方法 根据相关法律法规、疫情防控文件等，制定新型冠状病毒肺炎疫情下卫生督导表，包含八大类一级指标以及42条二级指标。对上海市某区239家707户次的社会办医疗机构开展卫生督导，对获得的数据进行分析。结果 154家（259户次）社会办医疗机构存在未落实指标490项，其中医废污水、预检分诊、组织制度、人员防护占比89.59%（439/490）。社会办医院、护理站、个体诊所未落实指标集中于预检分诊；社会办、门诊部集中于组织制度；护理院、内设医疗机构集中于医废污水。未落实指标一日整改率为55.51%（272/490），整改率较高指标为组织制度，整改率较低指标有员工管理、医废污水等。结论 新型冠状病毒肺炎疫情下，社会办医疗机构在医废污水、预检分诊、组织制度、人员防护方面存在集中短板，但不同类型的机构存在问题有所差异。社会办医疗机构对督导问题的整改有一定主观能动性，但仍需进一步加强卫生管理，建议从加强监督指导、激发主体意识，分类管理总结、及时调整方案，锁定重点指标、协助整改到位，严把许可要求、构建长效机制等方面着手。