目的 探讨基于农村基层医生职业需求的《传染病学》课程改革的应用效果。方法 在对广西基层医生岗位充分调研的基础上进行《传染病学》课程设计，重新序化课程教学内容。将2018级农村订单定向临床专业的251名学生作为研究组，按照改革后的项目模块进行《传染病学》教学；将改革前的2017级农村订单定向临床专业的246名学生作为对照组，按照传统模块进行《传染病学》教学。两组学生在课程结束后使用同一份试卷进行期末考核，比较两组学生期末成绩及线上学习情况（线上学习资源访问次数、总访问时长、人均访问时长、讨论区评论数、学习进度等），同时发放问卷调查研究组学生对课程改革效果的认同度。结果 （1）研究组期末考试成绩高于对照组（P＜0.05）。（2）研究组职教云线上学习资源访问次数、讨论区评论数多于对照组，总访问时长及人均访问时长长于对照组，学习进度为81%~100%的学生比例高于对照组（均P＜0.05）。（3）研究组有248名学生完成问卷调查，其中90%以上的学生认为课程改革能激发学习兴趣，调动学习的主动性和积极性，加深对专业知识的理解和记忆，提高临床思维能力和综合分析、解决问题的能力。结论 基于农村基层医生职业需求的《传染病学》课程改革更注重教学的实践性及实用性，教学效果优于改革前的传统教学，使学生能够切实地掌握农村基层传染病防治工作所必备的基础知识和技能，提升基层卫生机构疫情防控工作能力。