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论著.生物信息技术 | 更新时间:2021-09-29
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基于微小RNA-mRNA-信号通路调控网络探讨肝细胞癌的潜在生物学标志物

广西医学 2021第43卷14期 页码:1723-1729

作者机构:广西中医药大学第一附属医院肝病科;广西骨伤医院脾胃呼吸科;广西中医药大学研究生学院;广西壮瑶药技术研究中心

基金信息:【基金】国家自然科学基金(81960841、81774236);广西自然科学基金(2018GXNSFGA281002);广西科技攻关项目(桂科AD17129001)

DOI:10.11675/j.issn.0253-4304.2021.14.15

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目的 通过构建微小RNA(miRNA)-mRNA-信号通路调控网络,探讨肝癌的潜在生物学标志物。方法 通过GEO数据库获得mRNA和miRNA的表达谱,采用limma包筛选差异表达miRNA(DEmiRNAs)和差异表达mRNA(DEGs)。通过miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库进行DEmiRNAs靶基因的筛选,再将DEmiRNAs靶基因与DEGs取交集获得肝癌潜在靶基因。对潜在靶基因进行功能和通路富集分析,使用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA通路调控网络。结果 共筛选出256个DEGs、213个DEmiRNAs和4 010个DEmiRNAs靶基因,取交集后获得肝癌潜在靶基因34个;最终得到55对miRNA-mRNA基因对,包括23个潜在靶基因和17个miRNA。潜在靶基因涉及22个生物学过程、8种分子功能、8个细胞组分,主要富集在7个类型的信号通路,包括细胞增殖与死亡、免疫系统、信号转导、运输和分解代谢、癌症、消化系统、氨基酸代谢等。通过构建miRNA-mRNA-信号通路调控网络,得到肝癌的危险基因有FOS、GADD45G、RNF125、ZBTB16、CXCL12、EGR1等,危险miRNA有hsa-miRNA-195-5p、hsa-miRNA-221-3p等。结论 FOS、CXCL12、EGR1等DEmiRNAs,以及hsa-miRNA-195-5p、hsa-miRNA-221等DEGs,或可为肝癌的诊断和治疗提供新的线索。

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