新型冠状病毒肺炎疫情防控是中国当前面临的重大挑战，广大医护人员迎难而上，奋战在抗击疫情的第一线，医学生是未来的医务工作者，医学院校是培养医学生的摇篮，思想政治教育是铸造医学生的灵魂。高校在扎实推进疫情防控工作的同时，更应反思医学生思想政治教育面临的挑战，结合此次重大突发公共卫生事件，坚持立德树人的办学理念，强化思想引领和党性认识，增强使命担当教育，努力提高思政课的感染力和震撼力，把医学生培养成中国医药卫生事业的合格建设者和接班人。本文就新型冠状病毒肺炎疫情背景下做好医学生思想政治教育之要义、面临的困境及优化路径进行概括。