中国政府在《遏制结核病行动计划(2019-2022年)》中提出，各地要提高结核病实验室诊断能力，缩短诊断时间，病原学阳性的肺结核患者耐药筛查率应达90%以上，最大限度发现耐药结核病患者。但目前传统的检测方法不但耗时长，而且精确度有限。微生物全基因组测序技术是近年来兴起的结核分枝杆菌菌种鉴定、耐药检测和公共卫生监测手段。本文对近年来全基因组测序在结核病病原学诊断和监测领域中的研究进展进行综述，以评估其在国内的应用价值和前景。