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论著.生物信息技术 | 更新时间:2021-03-05
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2型糖尿病关键信使RNA和微小RNA的鉴定

广西医学 2021第43卷01期 页码:74-79

作者机构:广西卫生职业技术学院医学系;广西医科大学第一附属医院检验科

基金信息:【基金】广西高校科学技术研究项目(KY2015YB460);广西高校中青年教师科研基础能力提升项目(2021KY1375)

DOI:10.11675/j.issn.0253-4304.2021.01.18

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目的 通过生物信息学方法鉴定2型糖尿病(T2DM)中的关键信使RNA(mRNA)与微小RNA(miRNA)。 方法 在GEO数据库下载T2DM 相关数据集miRNA-Seq和mRNA-Seq。利用在线分析工具GEO2R分析并筛选T2DM和正常组织样品之间差异表达的mRNA和miRNA。针对差异表达的mRNA进行基因本体论和通路富集分析,并构建蛋白质互相作用(PPI)网络。利用在线工具miRDB预测差异表达miRNA的靶基因,取差异表达miRNA的靶基因与差异表达mRNA的交集,绘制miRNA-mRNA网络图,并预测与差异表达miRNA相互作用的转录因子。结果 (1)共筛选出40个差异表达的mRNA,主要与成人运动行为、pH调节等生物过程相关,涉及促胰酶素受体信号通路、钙黏着蛋白信号通路、果糖半乳糖代谢信号通路、γ-氨基丁酸合成信号通路、糖酵解等信号通路。 通过构建PPI网络共鉴定出3个核心基因,包括表达下调的分泌素受体(SCTR),以及表达上调的促甲状腺激素受体(TSHR)、降钙素相关多肽α(CALCA)。(2)共鉴定出67个差异miRNA,包括66个下调的miRNA和1个上调的miRNA。miRNA-mRNA网络分析结果显示,miRNA-16-5p是下调最明显的miRNA之一,其与miRNA-103a-3p、miRNA-107、miRNA-15b-5p共同靶向调控丙酮酸脱氢酶激酶4(PDK4)。 转录因子SP1、早期生长应答因子是差异表达miRNA最显著的潜在靶标。结论 SCTR、TSHR、CALCA可能是T2DM病理生理过程的主要参与者。miRNA-16-5p、miRNA-103a-3p、miRNA-107和miRNA-15b-5p通过靶向调控PDK4在T2DM病理生理中起到重要作用。

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