住院医师规范化培训与医学硕士研究生教育相结合的并轨培养新模式旨在培养既具有扎实的临床功底，又能掌握基本的临床科研方法的应用型医学人才。并轨培养新模式的开展，极大地提高了专业型医学硕士研究生的临床实践能力，然而也出现了“只重临床，忽略科研”的培养偏差。本文就当前专业型医学硕士研究生科研能力培养的现状及存在的问题，探讨提高专业型医学硕士研究生科研能力的方法策略，以期促进高等医学教育的发展。