医科大学的附属医院承担着医科大学学科建设、教育教学和科学研究的功能。医科大学在附属医院学科建设过程中，以学科建设为主线，搭建附属医院与医科大学合作平台；以科学研究为着力点，提升附属医院与医科大学科研创新能力；以临床教学为抓手，构建附属医院与医科大学医学生人才培养体系的协同发展策略，可以创造医科大学与附属医院的合作共赢局面。附属医院通过各科室兼顾，突出强项，走“大综合”发展路线；加速成果转化能力，促进产学研用良性循环；提升科研创新能力，打造高水平科研阵地，可以提高其自身综合实力，适应医科大学学科发展。处理好两者之间的关系对提升医科大学综合实力和社会声誉、医院专科声誉和综合实力以及医院的长远发展具有重要意义。