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论著·基础研究 | 更新时间:2019-10-17
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基于生物信息学分析筛选骨关节炎差异表达基因

广西医学 2019第41卷18期 页码:2321-2325

作者机构:广西医科大学附属埌东医院;广西中医药大学附属瑞康医院创伤骨科;广西桂林市人民医院高压氧科

基金信息:【基金】广西科学研究与技术开发计划(桂科攻1598012-6);广西医药卫生科研课题(Z20180803)

DOI:10.11675/j.issn.0253-4304.2019.18.12

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目的 基于生物信息学分析筛选骨关节炎相关的差异表达基因(DEGs),并分析其生物学功能。 方法 从GEO数据库下载微阵列数据集GSE1919,其包括5个骨关节炎样品和5个匹配的对照样品。 利用R语言的Limma工具包进行数据分析,筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体富集分析,利用京都基因与基因组百科全书数据库对上调DEGs进行信号通路分析。基于STRING数据库的信息识别蛋白质-蛋白质互相作用(PPI),使用Cytoscape软件3.4.0进行PPI网络构建。结果 共获得1 145个DEGs,包括483个上调的DEGs和662个下调的DEGs。上调的DEGs主要涉及受体活性、细胞黏附分子活性,主要集中于细胞外组分、细胞膜、细胞外间隙等,主要与细胞通信、信号转导有关。上调的DEGs显著富集于肿瘤坏死因子、细胞黏附分子、丝裂原活化蛋白激酶、黏着斑、细胞因子受体相互作用以及磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B等信号通路。白细胞介素(IL)-6、IL-8、胰岛素样生长因子(IGF)和血管紧张素原(AGT)等基因为PPI网络的核心基因。结论 IL-6、IL-8、IGF和AGT基因可能是参与骨关节炎发展的重要基因。

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