[1]何熠,熊海风,李毅成,等.基于生物信息学分析筛选骨关节炎差异表达基因[J].广西医学,2019,41(18):2321-2325.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2019.18.12]
 [J].GUANGXI MEDICAL JOURNAL,2019,41(18):2321-2325.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2019.18.12]
点击复制

基于生物信息学分析筛选骨关节炎差异表达基因()
分享到:

《广西医学》[ISSN:0253-4304/CN:45-1122/R]

卷:
第41卷
期数:
2019年第18期
页码:
2321-2325
栏目:
论著·基础研究
出版日期:
2019-09-30

文章信息/Info

作者:
何熠;熊海风;李毅成;方德鹏;余雪;杨渊
广西医科大学附属埌东医院;广西中医药大学附属瑞康医院创伤骨科;广西桂林市人民医院高压氧科
关键词:
骨关节炎差异表达基因生物信息学基因本体富集分析京都基因与基因组百科全书数据库通路分析蛋白质-蛋白质互相作用网络
DOI:
10.11675/j.issn.0253-4304.2019.18.12
摘要:
目的 基于生物信息学分析筛选骨关节炎相关的差异表达基因(DEGs),并分析其生物学功能。 方法 从GEO数据库下载微阵列数据集GSE1919,其包括5个骨关节炎样品和5个匹配的对照样品。 利用R语言的Limma工具包进行数据分析,筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体富集分析,利用京都基因与基因组百科全书数据库对上调DEGs进行信号通路分析。基于STRING数据库的信息识别蛋白质-蛋白质互相作用(PPI),使用Cytoscape软件3.4.0进行PPI网络构建。结果 共获得1 145个DEGs,包括483个上调的DEGs和662个下调的DEGs。上调的DEGs主要涉及受体活性、细胞黏附分子活性,主要集中于细胞外组分、细胞膜、细胞外间隙等,主要与细胞通信、信号转导有关。上调的DEGs显著富集于肿瘤坏死因子、细胞黏附分子、丝裂原活化蛋白激酶、黏着斑、细胞因子受体相互作用以及磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B等信号通路。白细胞介素(IL)-6、IL-8、胰岛素样生长因子(IGF)和血管紧张素原(AGT)等基因为PPI网络的核心基因。结论 IL-6、IL-8、IGF和AGT基因可能是参与骨关节炎发展的重要基因。

相似文献/References:

[1]欧志峰.白芥子散治疗膝骨性关节炎的临床研究[J].广西医学,2008,30(06):849.
[2]颜俏燕,丁士申,刘铁军.X线正位片及多层螺旋CT三维成像检查在成人发育性髋关节发育不良中的诊断价值[J].广西医学,2018,40(4):451.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2018.04.26]
 [J].GUANGXI MEDICAL JOURNAL,2018,40(18):451.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2018.04.26]
[3]王华勇,李皓桓,梁世博.快速康复外科在重度骨关节炎患者一期双侧膝关节置换术中的应用[J].广西医学,2018,40(8):869.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2018.08.01]
 [J].GUANGXI MEDICAL JOURNAL,2018,40(18):869.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2018.08.01]
[4]孙婷,张连红,文放放.川 崎 病 相 关 甲 基 化 基 因 及 其 作 用[J].广西医学,2019,41(2):216.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2019.02.18]
 [J].GUANGXI MEDICAL JOURNAL,2019,41(18):216.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2019.02.18]
[5]蔡伟松,李皓桓.信号通路在骨关节炎发病机制中的研究进展[J].广西医学,2019,41(6):751.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2019.06.22]
 [J].GUANGXI MEDICAL JOURNAL,2019,41(18):751.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2019.06.22]
[6]张沕,黄远,李光第,等.骨关节炎细胞炎性因子及软骨代谢标志物的研究现状[J].广西医学,2019,41(11):1428.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2019.11.22]
 [J].GUANGXI MEDICAL JOURNAL,2019,41(18):1428.[doi:10.11675/j.issn.0253-4304.2019.11.22]

备注/Memo

备注/Memo:
【基金】广西科学研究与技术开发计划(桂科攻1598012-6);广西医药卫生科研课题(Z20180803)
更新日期/Last Update: 2019-10-17